Как предположение - корневая инфекция. Пересевать придется, эти вряд ли поднимутся. Что за грунт? О! одновременно.
Пересеваю второй раз, земля из пятерочки плюс с огорода 50 на 50. С помидорами тоже самое. Ножки не темнеют. Как бороться?
Она будет чуть ниже уровня земли истончаться, черным не обязательно быть. И еще, зачем вы такими маленькими пикировали?
Пересеять в другую землю, для страховки поверхность почвы лучше присыпать тонким слоем стерильного песка. Если песка нет - пролейте розовым раствором марганцовки. Поливать лучше всего снизу - через поддон. Поливаем, когда поверхность грунта очень хорошо подсохнет. Если поливаете сверху - после полива осторожно рыхлите землю зубочисткой.