Пустые коробки из под обуви есть? Лучше их. Тонкая негреющая подкладка ни о чём. Если есть куски плотного утеплителя (пенопласт, эппс), то тоже поможет.
Пенопласт лучше, конечно, но и пустые коробки неплохо ! У меня сейчас рассада стоит на контейнере из-под яиц !
Зачем в коробке? Пустые коробки с крышками выставляешь по всему подоконнику, потом наверх чего хочешь ставь.